V社即將推出的 Steam Deck 與其他 PC 掌上電腦不同的一大特點是其對操作系統的選擇：該平台是基於 Linux 的，而不是 Windows。V社的 Proton 兼容層可以讓目前僅支持 Windows 的遊戲在 Linux 上運行，而無須單獨移植每一個遊戲。
對於 Linux 玩家來說，Steam Deck 的成功推出可以帶來兼容性的新發現以及對 Linux 遊戲的新關注。
Gaming On Linux 最近的一篇文章揭示了 Valve 的兼容性測試過程以及它是如何變化的。直到最近，Valve 一直偏愛 Proton，即使遊戲已經有原生 Linux 版本。例如，Valve 自己的《傳送門2》在 SteAMDB 上推薦使用 Proton 運行，儘管它的 Linux 版本早在 2014 年就發布了。
Valve 現已更新其政策和開發人員文檔，以反映它將優先測試遊戲的原生 Linux 版本，並且只有在“兼容性測試失敗或遇到重大問題”時才會通過 Proton 運行遊戲。
這似乎是一個合乎邏輯的舉動，但一些評論者對某些 Linux 端口表示擔憂。例如，《無主之地2》有原生 Linux 版本，但遊戲的最新 DLC 並不支持 Linux。社區的另一位成員提到了較舊的 OpenGL 遊戲，這些遊戲可能會通過 Proton 在 Vulkan API 上看到更好的性能。
去年年底發布的 HowToGeek 文章建議 Linux 遊戲玩家選擇 Proton，即使遊戲具有原生 Linux 移植版（Linux 用戶可以從 Steam 的下拉菜單中選擇）。作者的理由是大多數開發人員在開發 Linux 移植版時都未將其視為優先項，《無主之地2》DLC問題就是一個很好的例子。另一方面，Proton 對 Valve 在 Steam Deck 上的成功至關重要，因此他們有充分的動力確保它儘可能地完善體驗。