新冠疫苗生產研發大廠輝瑞製藥的CEO竟然被檢測出新冠陽性，這件事在昨日曝光后就登上了熱搜榜。如何形容此次事件背後的黑色幽默意味，我想不亞於生產老鼠藥的工坊鬧開了鼠疫。疫苗、特效藥，輝瑞從來都走在抗擊新冠的前鋒梯隊，CEO的感染讓看客開始揣測其下產品的作用。
屋漏偏逢連夜雨，早在十天前，哈佛醫學院就在預印本上發表論文，公布了一項針對輝瑞目前賣的火熱的特效藥Paxlovid的研究，研究結果表明人們發現一些本應被Paxlovid治癒的新冠患者，出現了病情反覆和核酸/抗原檢測復陽。其中，最出名的案例是美國總統拜登和美國總統首席醫療顧問福奇博士。
Paxlovid
特效藥不好用了？
復陽“魔咒”
2022年7月30日，白宮總統醫生凱文·奧康納發布書面信件，表示美國總統拜登新冠“復陽”。
此前，7月21日，白宮發布聲明稱，拜登新冠病毒檢測陽性。在當時，拜登已完成疫苗全程接種，並接種了2針加強針。白宮表示，拜登將服用輝瑞抗病毒口服藥Paxlovid用於治療。 隨後7月27日，白宮宣布拜登新冠病毒檢測結果轉陰。
隨後，拜登連續4次新冠病毒檢測陰性后，於第五天再次檢測為陽性，但沒有再次出現癥狀。白宮總統醫生表示，目前沒有理由對拜登進行新一輪治療，但會重啟嚴格的隔離程序。
拜登的經歷並非個案。白宮總統醫生凱文·奧康納在最新的書面信件中同時提到，少數接受Paxlovid 治療的新冠患者存在復陽的可能。
這一結果在哈佛醫學院的新研究論文中的到了驗證。
Paxlovid是一種蛋白酶抑製劑，由nirmatrelvir和ritonavir兩種主要成分組成。其中nirmatrelvir是一種新冠病毒3CL蛋白酶抑製劑，能通過阻斷新冠病毒3CL蛋白酶的活性，破壞新冠病毒的後續RNA複製過程。另一種成分ritonavir則讓nirmatrelvir能在身體里保持更長時間的活性，更好地抗擊病毒。
輝瑞的臨床研究表明Paxlovid可降低已接種疫苗和低風險的新冠感染者重症率，有效抑制新冠病毒複製，但是，近期相繼報道了mRNA新冠疫苗接種者在感染Omicron后採用Paxlovid治療后發生反彈，且復陽癥狀、病毒載量和病毒持續時間等指標均比復陽前急性感染期嚴重，導致新冠特異性免疫受損。
最近的隊列研究表明，普通mRNA疫苗接種人群新冠感染后復陽的概率為6%。然而，尚無研究探索mRNA疫苗接種人群接受Paxlovid治療后的復陽概率及Paxlovid反彈現象的原因。
而此項研究以2022年3月至5月期間在美國馬薩諸塞州36名接種mRNA疫苗后感染奧密克戎的患者為研究對象，其中11人接受了Paxlovid治療。研究人員連續14天對研究對象進行鼻拭子採樣，分析病毒載量和基因組測序數據。並通過調查問卷了解36名研究對象的既往病史、COVID-19疫苗接種情況和癥狀等個人信息，最終得出結論：與未接受Paxlovid治療的新冠患者相比，Paxlovid治療與更高的病毒反彈發生率相關。
這項研究的幾組數據值得關註：1、新冠復陽率：未服用Paxlovid組為4%，服用Paxlovid組為27%；2、反彈中位時間和病毒峰值：未服用Paxlovid組為5天Ct（Ct值越小表明病毒載量越高）=30.3，服用Paxlovid組為5天Ct=19。
藥物抵抗，只是時間問題？
值得注意的是， 除了 Paxlovid，另一款新冠抗病毒口服藥Molnupiravir 也在使用后報告了復陽情況。
據凱斯西儲大學醫學院的研究顯示，Paxlovid和Molnupiravir 治療后都有一定概率出現復陽，治療 7 天後兩種藥物的有癥狀的復陽率分別為2.31%和3.75%，住院治療的復陽比分別為0.44%和0.84%。
難道，復陽只是時間問題嗎？
目前，已經有多篇論文着手研究新冠病毒突變與藥物抵抗之間的關係，6月，《科學》上發表了一篇關於冠狀病毒主要蛋白酶（MPro）結構的新論文，着眼於這種抗性變體可能在哪裡發展。
作者鑒定了45-51位氨基酸，以及其他幾個也會影響活性結合位點的殘基（M165、L167、P168、R188 和 Q189）。（對於分子生物學領域以外的人，該符號使用單字母氨基酸縮寫以及蛋白質序列中的編號位置。例如，“L50F”告訴您蛋白質第 50 位的亮氨酸氨基酸 (L) 已被苯丙氨酸 (F) 氨基酸取代）。
圖：V. ALTOUNIAN/科學，數據：RCSB 蛋白質數據庫，ID 7U28
在實驗室研究中，一種冠狀病毒蛋白酶上的幾個位點（橙色）會發生突變，從而使病毒對 Paxlovid 中的活性成分（此處顯示為蛋白酶中的灰色和彩色球體）更具抵抗力。
無論如何，這些樣本量並不完全。結果顯示，與小分子直接相互作用的蛋白質區域是 40-44、45-51、140-146、163-169和 86-192這些影響活性位點結構的蛋白質。
現在，任何這樣的突變都可以在酶完成其工作的一般適應性與其逃避小分子抑製劑結合的能力之間進行權衡。肯定有很多突變會阻止Paxlovid 的蛋白酶抑製劑成分（尼馬瑞韋）完全結合，但也會阻止許多酶的底物結合，所以這些在進化上是死胡同。
輝瑞自己的團隊也做過類似的實驗，但使用的是冠狀病毒家族的另一個成員小鼠肝炎病毒 (MHV)。該預印本認為MHV不是一個很好的選擇，因為nirmatrelvir從一開始就不是一個非常有效的抑製劑——作者認為，在像這樣容易出錯的複製系統中使用真正的SARS-2-CoV蛋白酶是調查突變的更好方法。
此外，在丹麥團隊研究的試驗中作者還研究了Vero細胞中的SARS-CoV-2。他們發現了L50F和E166V突變等，與野生型相比，這兩種突變對nirmatrelvir 的耐藥性高達 80 倍，同時具有較高的生殖適應性。E166V 突變本身的適應性較差，但通過在其上添加 L50F 突變來彌補這一點。這些作者指出，瑞德西韋的療效不受這些突變的影響，並建議如果我們在普通人群中遇到不良耐葯情況，可以同時使用使用兩種藥物。
將這些不同的論文放在一起，我們或許談談這些不同的突變體以及它們如何影響 nirmatrelvir 結合。研究人員認為，“Paxlovid 復陽”最大可能是由於藥物暴露不足或持續時間不足導致。
所有的指向表明，冠狀病毒的突變也是為了近一步影響藥物的作用，但現在目前所有研究中都是針對部分片段展開，我們目前不能知曉病毒的哪些結構會促進這種逃逸。