10月16日0時23分，長征二號F遙十三運載火箭從酒泉衛星發射中心起飛，成功將載有3名航天員的神舟十三號載人飛船送入預定軌道。航天員進駐核心艙后，將按照天地同步作息制度進行工作生活，6個月後，搭乘飛船返回東風着陸場。
神舟十三號作為空間站任務的第二艘載人飛船，將再次搭乘3名航天員進駐太空，繼續完成空間站關鍵技術驗證及建造任務。
為適應空間站組合體不同構型及來訪航天器不同停靠狀態，實現與空間站前向、後向、徑向交會對接和分離，中國航天科技集團五院神舟團隊設計了新的交會路徑和繞飛模式，增加了繞飛、快速交會對接、徑向交會對接各項功能。
中國航天科技集團五院總體設計部飛船型號系統總體副主任設計師高旭說：“載人飛船將採用自主快速交會對接的方式，首次徑向停靠空間站，即通過天和核心艙下方對接口與空間站進行交會並對接。雖然只是方向變了90度，但是對接的難度卻大了不少。”
據悉，在神舟十三號成功發射的同時，神舟十四號也已經完成發射前的全部工作，進入應急發射待命狀態。
神舟十三號載人飛船與空間站天和核心艙完成徑向交會對接之後，停靠時間長達6個月，計劃執行180天組合體長期駐留任務，這將是我國迄今為止時間最長的一次載人飛行。
為適應空間站複雜構型和姿態帶來的複雜外熱流條件，滿足超長“待機”要求，中國航天科技集團五院神舟團隊對返回艙、推進發動機和貯箱等熱控方案、船站併網供電方案進行了專項設計，使飛船具備了供電、熱環境保障的適應性配套條件。
此外，中國航天科技集團有限公司五院抓總研製的神舟十四號已經完成發射前的全部工作，進入應急發射待命狀態。這是為了保護航天員生命，五院開創的天地結合的應急救援任務模式，即每次有兩艘飛船進場，由后一艘飛船作為突發情況的生命救援之舟，具備應急發射進行太空救援的能力。
神舟十四號飛船作為本次任務地面待命救援飛船，完成推進劑加註前準備，在廠房就位，隨時可啟動後續發射工作程序。一旦在軌發生需要救援的情況，在火箭配合下隨時可啟動救援程序，短時間內即可發射入軌，將航天員接回地面。
