以在飛機上與記者自由交談而聞名的教宗方濟各在匈牙利主持完世界聖體大會2020和斯洛伐克的宗教活動后飛回國內時，對教會內部抵制COVID-19疫苗的一些現狀發表了意見，而且他直奔主題。根據方濟各所述的意大利語譯文，他在飛機上對記者說：
“即使在紅衣主教團中，也有一些’否認者'[‘negazionisti’]，其中一個人，可憐的人，正因病毒住院。然後他補充說：”Mah, ironia DELLa vita…”意思是是“對生命的諷刺”……
這句話顯然是指美國紅衣主教（也是對方濟各的經常性批評者）雷蒙德·伯克，他今年8月在感染了COVID-19后在呼吸機上度過了一段時間。伯克現在正在進行緊張的康復治療，他一直是疫苗的公開批評者。
根據美聯社最近的一篇文章，”伯克還警告人們，政府正在利用對大流行病的恐懼來操縱人們。他在2020年5月公開反對強制接種疫苗，並說社會上有些人想在人們身上植入微型芯片”。
教宗弗朗西斯已經接種了疫苗。他2020年12月還批准了一份關於”使用COVID-19疫苗的道德性”的文件。該文件明確指出，”當沒有倫理上不可指責的COVID-19疫苗時，接受在研究和生產過程中使用過流產胎兒細胞系的COVID-19疫苗，在道德上是可以接受的”。(該文件同時呼籲製藥公司”生產、批准、分發和提供道德上可接受的疫苗，不要出現良心上的問題”。）
同時，梵蒂岡認為，疫苗不是”道德義務”，因此應該是”自願的”。但那些不想要的人仍然必須”追求共同利益”，這意味着他們”必須通過其他預防手段和適當的行為，盡最大努力避免成為傳染病原體傳播的載體。特別是，他們必須避免對那些因醫療或其他原因不能接種疫苗的人以及最脆弱的人的健康造成任何風險”。
疫苗問題一直困擾着天主教會，不僅僅是在美國，而是在世界各地。在教宗訪問斯洛伐剋期間，這個話題又被提及。例如在意大利，就有一個活生生的案例，一位72歲的當地醫生向他的主教抱怨說，一個修道院的院長是一個反疫苗者，花了太多時間從她的手機上轉發錯誤信息。更糟糕的是，修道院長甚至就是這名醫生的親妹妹。
至於教宗本人似乎不知道該如何看待當前圍繞疫苗的喧囂。他昨天說，人類”與疫苗有一段友誼的歷史”，包括對全球大多數兒童無異議地注射麻疹和脊髓灰質炎疫苗。至於談到反疫苗的浪潮所帶來的阻力，”我不知道該如何解釋，”他說。
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