日本首相菅義偉此前表示要加快新冠疫苗接種，但近日，日本中央政府和地方政府圍繞4000萬劑疫苗的去向產生了分歧。據時事通信社18日報道，日本內閣官房長官加藤勝信16日說，根據統計，日本各地還有總量約4000萬劑的疫苗庫存，厚生勞動省未來將減少對庫存充足地區的疫苗供應。但日本多個地方政府卻反駁說，當地並無大量疫苗庫存。
報道說，加藤勝信指出，截至6月底，日本中央政府共向地方供應了8800萬劑新冠疫苗，而日本疫苗接種記錄系統的數據顯示，地方自治體的疫苗接種總量為4800萬劑，這就意味着地方政府和地方醫療機構還存有大約4000萬劑疫苗。根據目前的庫存情況，政府決定在8月後減少對庫存較多地區的疫苗供應。
然而，日本地方政府不認同中央政府的說法，認為疫苗接種記錄系統的數據存在輸入延遲的問題。大阪市長松井一郎說，他已詢問了當地各醫療機構，沒有一個地方的疫苗庫存量能維持一周。時事通信社援引地方政府相關人士的話解釋說，“現在持有的疫苗其實是用於第2次接種的”。日本全國知事會表示，地方政府正在為實現中央政府提出的每日接種100萬劑疫苗的目標而努力，而厚生勞動省卻要減少供應量，這將使各地陷入孤立無援的處境。
日本首相官邸人士認為，隨着疫苗接種工作的推進，混亂情況不可避免。但如果中央和地方的關係惡化，可能會進一步延緩接種的節奏，從而引發公眾不滿。
日本共同社17日發布的一項調查結果顯示，日本47個主要城市中，37個城市因疫苗供應不足暫停、延遲疫苗接種或減少接種預約，佔主要城市總量的78.7%。調查顯示，日本68%的主要城市預計8月和9月的疫苗供應仍將不足。據日本厚生勞動省統計，截至16日，已完成兩劑接種的人數剛剛超過日本人口總數的20%。