與細菌相比，病毒種類更豐富、進化速度更快，並且很難採集，因此，致力於尋找病毒藥物治療方法的科學家一直面臨著巨大的挑戰。近期，英國首相鮑里斯·約翰遜宣布成立一個抗病毒工作組，以“快速增強”新型抗病毒藥物開發為首要任務。
在唐寧街的新聞發布會上，約翰遜說：“英國大多數科學觀點仍堅定地認為，今年某個時期，將會出現新一波新冠病毒爆發。”他希望在秋季之前成功研製出新型抗病毒藥物抵禦第三波病毒爆發。
雖然地塞米松和托珠單抗等消炎藥物可以降低新冠病毒感染患者死亡率，但這些藥物僅用於住院治療的嚴重新冠病毒患者，目前約翰遜計劃研製一種可以在家中服用的藥物，是一種藥丸形式的藥物，對較輕癥狀患者起到有效治療效果，避免他們發展至重症階段，直到進入醫院依靠呼吸機最終結束生命。
研發和批准新型抗病毒藥物通常需要幾年時間，因為研製新藥物過程非常艱苦，需要識別針對病毒的化合物，然後再測試它們的有效性和安全性。出於這個因素，科學家們也在考慮再利用已批准治療其他病毒或者疾病的現有藥物。
不同於可用於治療多種細菌感染的廣譜抗菌素，對一種病毒有效的藥物很少對其他病毒有效，例如：最初開發用於治療丙型肝炎的瑞德西韋曾一度被建議用於治療新冠肺炎，但臨床試驗顯示，該藥物對新冠病毒的治療效果十分有限。
廣譜抗菌素療效有限的原因是病毒比細菌更具多樣性，包括它們存儲遺傳信息的方式（有些以DNA的形式，有些則以RNA的形式），與細菌不同的是，病毒自身可以被藥物靶向的蛋白質構建模塊較少。
一種藥物要發揮療效，就必須達到它的治療靶向，然而普通藥物很難實現針對病毒的靶向治療，因為病毒通過劫持改變人體細胞機制而在細胞內進行複製，藥物需要進入這些被感染的細胞，並對人體正常功能所需的過程發揮作用，通常情況下，這種治療方式能都導致人體細胞的附帶損傷，即副作用。
然而，研究人員發現靶向細胞外病毒（阻止它們在複製之前獲得立足點）是有可能實現的，但該過程也有一定的困難，這與病毒外殼的屬性有關。病毒外殼非常堅固，能夠抵抗環境對其宿主的負面影響，只有當病毒到達靶向目標時，它的外殼才會分解或者噴射出包含其基因信息的物質。
該過程可能是病毒生命周期的一個弱點，但控制釋放的條件是非常具體的，雖然靶向病毒外殼的藥物聽起來很有吸引力，但是人類服用之後可能產生毒性較大的副作用。
儘管研發此類藥物很難，但目前治療流感和艾滋病等病毒的藥物已開發出來，其中一些藥物針對病毒複製和病毒外殼組裝的過程，還確定了有希望的冠狀病毒藥物靶點，但是開發此類藥物需要較長時間，而且病毒變異速度很快。因此，即使研究人員能研發出一種藥物，不斷進化的病毒也可能很快形成相應的耐藥性。
藥物對抗病毒的另一個問題是，艾滋病毒、乳頭瘤病毒和皰疹病毒等可能進入休眠模式，在該狀態下，被感染的細胞不會產生任何新的病毒，病毒的遺傳信息是細胞中唯一存在的病毒信息，干擾病毒複製或者病毒外殼的藥物沒有任何活性，所以即使患者服用某些藥物，其體內的病毒仍存活下來。
當休眠模式下的病毒再次變得活躍時，相應的癥狀可能再次出現，這時就需要使用藥物進行強化治療，這期間也會增大病毒的耐藥性，因此病毒經歷藥物誘導的耐葯變異的選擇時間變得更長。
儘管我們還僅是剛開始了解冠狀病毒的生命周期，但有跡象表明，它們可以持續較長時間，特別是在免疫力較弱的患者，很可能導致產生更多耐葯病毒株，使治療變得更加棘手。
目前，醫學界認知新冠病毒如何工作的研究在短時間內取得了較大進展，但在開發抗病毒藥物方面仍有許多問題亟待解決，預計今年晚些時候，新一波新冠病毒感染會捲土重來，抗病毒專項小組將面臨新的挑戰。