為什麼科學界需要更多的研究型軟件工程師?

2012年3月,一群志同道合的軟件開發人員聚集在英國牛津大學,參加他們所謂的“Collaborations Workshop” 研討會。他們有一個共同的職業–開發軟件以支持科學研究,但他們的職位不同,而且他們沒有明確的職業道路。與會者創造了一個術語來描述他們的工作路線:研究型軟件工程師(RSE)。

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十年後,RSE協會在英國、歐洲大陸、澳大利亞和美國興起。在英國,至少有31所大學有自己的RSE小組。謝菲爾德大學的RSE小組負責人、英國研究軟件工程學會前任主席 Paul Richmond說,這表明這個職業的重要性在不斷增加。《自然》雜誌記者Chris Woolston採訪了Richmond,了解了作為RSE的生活、軟件在研究企業中的作用以及該領域在十周年之際的狀況。

《自然》:RSE是做什麼的?

Richmond:從根本上說,RSE通過開發軟件來支持科學研究。他們通常沒有自己的研究問題–他們開發計算機工具來幫助其他人做很酷的事情。他們可能為現有的軟件增加功能,清除錯誤,或者從頭開始建立一些東西。但他們並不只是坐在電腦前寫代碼。他們必須是良好的溝通者,能夠將自己融入到一個團隊中。

《自然》:他們從事什麼類型的項目?

Richmond:幾乎所有的科學領域都是在軟件上運行的,所以RSE可以發現自己在做幾乎任何事情。在我的職業生涯中,我從事過癌細胞成像和行人交通建模的軟件。作為一個博士后,我從事計算神經科學的工作。我對這些特定的研究領域不是很了解,所以我與腫瘤學家或神經科學家或其他什麼人密切合作,開發所需的軟件。

《自然》:為什麼這麼多大學都支持自己的RSE小組?

Richmond:一些處於學術梯隊頂端的高權重研究人員有能力僱用自己的RSE。該工程師可能致力於維護一個已經存在了10或20年的單一軟件。但是,大多數研究小組只是偶爾需要–或者能夠負擔得起–一個RSE。如果他們的大學有一個RSE小組,他們可以僱用一名內部工程師,每周一天,或一次一個月,或任何他們需要的東西。這樣一來,RSE小組就像一個核心設施。大學試圖確保該小組有一個穩定的工作流程,但這通常不是問題–不缺項目可做。

《自然》:RSE還做什麼?

Richmond:RSE工作的很大一部分是提高對高質量軟件的重要性的認識。RSE可能會培訓一個博士后或研究生,讓他們自己開發軟件。或者他們可以舉辦一個關於良好軟件實踐的研討會。從理論上講,培訓50個人可能比在一個項目上工作更有影響力。在實踐中,因為忙於支持研究,RSE們往往很難抽出時間進行教學、指導和宣傳。

《自然》:主要研究者(PI)是否理解對RSE的需求?

Richmond:這是很複雜的。在過去,研究人員並不總是被激勵去使用或創造好的軟件。但這正在改變。許多期刊現在要求作者發表代碼,而且這些代碼必須是FAIR:可查找、可訪問、可互用和可複製的。最後一個詞非常重要:好的軟件是研究可重現性的一個重要組成部分。RSE向首席科學家解釋說,他們需要可靠的代碼,這樣他們就不必在六個月後撤回他們的論文了。

《自然》:誰應該考慮從事RSE工作?

Richmond:許多RSE開始時是博士生或博士后,從事軟件工作以支持他們自己的項目。他們意識到,比起實際的研究工作,他們更喜歡這部分工作。RSEs當然有在工業界工作的技能,但他們在學術界的前沿科學環境中茁壯成長。

大多數RSE擁有博士學位—我有計算機圖形學博士學位—但這不一定是一個要求。一些RSEs最終走上了終身職位;我最近被提升為教授。其他許多人作為實驗室技術人員或服務人員工作。我會鼓勵任何對研究感興趣的有經驗的開發人員考慮將RSE作為一個職業。我還希望看到更多來自代表性不足的群體的人加入這個領域。我們需要更多的多樣性來發展。

《自然》:你對有希望成為RSE的人有什麼建議?

Richmond:可以嘗試開發一個開源軟件。如果可能的話,在一個合作的環境中做一些培訓。如果有問題,可以和正在工作的RSE交談。考慮加入一個協會。英國研究性軟件工程協會很樂意為人們提供有關進入該領域或如何在工作申請中脫穎而出的建議。在美國的人可以聯繫美國研究軟件工程師協會。

如果你是博士生或博士后,給自己一個挑戰:試着說服你的主管或 PI,他們真的需要接受好的軟件技術。如果你能改變他們的想法,這很好地表明你有成功的熱情和動力。

《自然》:你對這個行業在未來10年的發展有何設想?

Richmond:我希望看到RSE在學術環境中是平等的。軟件貫穿整個研究過程,但教授們往往得到大部分的認可和聲望。一款軟件的影響力與某些研究論文一樣大,有些甚至更大。如果RSEs能夠得到他們應得的認可和獎勵,那麼這條職業道路就會更加明顯和有吸引力。

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