約瑟夫-艾倫在哈佛大學負責一個重要的公共衛生研究項目，探究室內空氣質量如何影響人類健康和認知。他為公司提供通風和空氣過濾方面的諮詢，在新冠疫情大流行期間，他成為公共衛生方面的知名人士，撰寫了幾十篇專欄文章，批評衛生當局的早期指導，並揭穿了關於病毒傳播的誤解。
約瑟夫-艾倫在哈佛大學陳氏公共衛生學院指導健康建築項目，研究傢具、地毯和油漆排放的有毒氣體的影響。艾倫和其他人多年的研究表明，建築物中流通不暢的空氣會損害我們清晰，創造性地思考能力。考慮到我們一生中90%以上時間是在室內度過，這些發現對個人幸福感有影響，也對關注其底線的企業有影響。
當COVID-19大流行到來時，以前深奧的室內空氣質量領域突然成為廣泛關注的焦點。約瑟夫-艾倫和他的同事為學校系統、警察部門、娛樂公司、波士頓交響樂團和許多其他實體提供建議，告訴他們如何在大流行期間和之後使室內空氣更健康。在多年的系列實驗中，艾倫和他的團隊進行了很多研究和實驗。在2015年發表的第一項研究中，他們讓24名白領志願者在雪城大學室內環境質量總實驗室的環境控制辦公空間中度過了六個工作日。在不同的日子裡，實驗者會改變通風率以及二氧化碳和揮發性有機化合物的水平。每天下午，志願者們都要接受分析性思考和應對危機的能力測試。所有測試都是雙盲的。志願者和研究人員都不知道當天的環境條件。
結果是戲劇性的。當志願者在通風良好的條件下工作時（降低了二氧化碳和揮發性有機化合物的水平），他們的得分比在典型的辦公大樓條件下工作時高61%。當他們在最清潔的條件下工作時，二氧化碳水平更低，通風率更高，他們的分數攀升了101%。
為了弄清這些結果在現實世界中是否成立，艾倫和他的團隊從美國的10座辦公大樓中招募了109名志願者。其中六棟已經進行了裝修，以創造更好的熱量和濕度控制，改善通風，並減少有毒材料的使用。四棟則沒有。艾倫的團隊給每個辦公人員配備了一個類似Fitbit的手環，以記錄心率、皮膚溫度、睡眠模式和其他健康的生理跡象。參與實驗者每天還完成了一項調查，了解他們的感覺有多舒適，以及他們是否出現嗜睡或頭痛等癥狀。在一周結束的時候，他們進行了認知測試。通風良好和室內污染水平較低的建築中的受試者得分比未改善的建築中的受試者高26.4%。受試者還報告說睡得更好，並出現了更少的病態癥狀。