中科院構建中國人遺傳變異圖譜 命名為“女媧”

遺傳變異圖譜是研究人群演化史、醫學遺傳學、基因型-表型關聯的基礎。此前,大多數全基因組測序相關研究主要集中在歐洲血統人群。已有研究表明,罕見和低頻的變異往往特定於人群或樣本,尤其是與疾病相關的變異。中國人群全基因組測序資源和單倍型參考面板的缺乏阻礙了世界上最大人群的遺傳學與精準醫學研究。

為此,中國科學院院士、中科院生物物理研究所研究員徐濤團隊,研究員何順民團隊合作,在Cell Reports上在線發表文章,介紹該團隊關於”女媧”(NyuWa)中國人群基因組資源庫的工作,提供針對中國人群的遺傳變異圖譜與參考面板基因型推演服務,旨在促進中國人群的遺傳學與醫學研究。

研究團隊分析了2999個中國人的全基因組深度測序數據(26.2X),並以“女媧”命名。

中科院構建中國人遺傳變異圖譜 命名為“女媧”

NyuWa全基因組測序資源的變異數量

基於NyuWa數據資源,研究構建了包含7106萬SNPs和819萬InDels的中國人群遺傳變異圖譜,並對其進行全面註釋。相比其它人群隊列,NyuWa數據集包含2501萬新變異,其中包括14.9萬非同義變異、10.1萬有害變異、11493個編碼和非編碼基因的功能喪失變異、636個癌症相關基因的蛋白截短變異。

大量新變異表明,在以往遺傳研究中,中國人群的變異代表性不足,NyuWa基因組資源則填補了這一空缺。

此外,根據臨床相關數據庫的註釋,研究在NyuWa中發現了1140個致病變異,以及藥物基因組學相關位點和癌症風險位點上中國人群與世界其他人群的變異頻率差異。這些發現有助於中國人群精準醫學研究,可能促進新的遺傳學和醫學進展。

與其他參考面板相比,NyuWa參考面板將漢族人群基因型推演的錯誤率降低了30%-51%,在大多數其他東亞和東北亞人群中也有優異表現。